Приобретая коробочную версию и получая все необходимое для установки продукта, не стоит забывать о том, что приобретение программного обеспечения — это приобретение лицензии, то есть определенных (ограниченных) прав на использование конкретного продукта. Для коробочных версий эти права регулируются условиями Лицензионного соглашения конечного пользователя.
Лицензионное соглашение с конечным пользователем чаще всего распространяется в электронном виде и отображается при первом запуске продукта. В соглашении оговариваются такие важные аспекты использования, как количество установок по одной лицензии, возможность переноса продукта на другой ПК, необходимость активации и наличие технической поддержки Microsoft, а также перечисляются необходимые компоненты для подтверждения легальности ПО. Право использования предыдущей версии (Downgrade) не доступно для коробочных лицензий, за исключением некоторых средств разработки и серверов.

Некоторые коробочные продукты Microsoft технологически защищены от копирования. В этом случае использование продукта будет ограничено, если не будет выполнена процедура активации. Активация может быть выполнена через Интернет или по телефонам Центра активации.

Подтверждением лицензионных прав пользователя является Сертификат подлинности (СОА), наклеенный на коробку. Для дополнительного подтверждения лицензионных прав и целей бухгалтерского учёта настоятельно рекомендуется сохранять упаковку, информационные носители (диски с голограммой, если они есть в составе продукта) и документы, подтверждающие покупку.